Das Gameplay ist deutlich klarer strukturiert als in irgendeinem Metroid-Spiel bisher. Von einer Weltraum-Station aus erreicht Samus Aran verschiedene Planeten, die für sich betrachtet relativ überschaubar sind. Das frustrierende und stellenweise nervtötende Hin- und Hergelaufe früherer Metroid-Spiele entfällt weitgehend. Wer Spaß daran hat, kann aber immer noch zwischen den Welten hin- und herreisen, und sie alle nach versteckten Raketenbehältern und anderen Extras absuchen. Hervorzuheben ist, wie sehr sich die Kulissen unterscheiden. Glänzende Hightech-Architektur auf der S.S. Olympus, organische Gebilde auf Bryyo, abstrakte Felskonstruktionen auf Elysia, düstere Wildheit auf der Heimatwelt der Piraten: dem Auge wird einiges geboten.