Die Fähigkeiten von Alex Mercer dürfen individuell angepasst werden. Dazu genügt es, die im Spielverlauf gesammelten Erfahrungspunkte auf einem "Körpertuning-Bildschirm" in den entsprechenden Slot zu verteilen. Alex' Arme verwandeln sich dann in scharfe Klingen, mächtige Dampfhämmer, pfeileschleudernde Klauen und zuckende Peitschen. Per Thermo-Vision durchdringt man mühelos Rauch- uns Staubwolken, und mit dem Virus-Blick lassen sich normale Bürger von infizierten unterscheiden. Wenn Alex einmal defensiv vorgehen will, kann er sich kurzerhand zum Schutz eine Panzerhaut oder einen Knochenschild wachsen lassen.